في عام 1945، وبتوجيه من المغفور له دولة الرئيس عبد الحميد كرامي، تألفت في مدينة طرابلس - لبنان جمعية خيرية سميت "لجنة المستشفى الإسلامي الخيري" من أجل إنشاء مستشفى ومستوصفات خيرية لتأمين حاجات طرابلس وقضائها.
باشر المستشفى الإسلامي الخيري نشاطه الطبي في مبنى البولفار عام 1952، وتم تمويل المستشفى من مصادر مختلفة:
- حصة مسلمي طرابلس وقضائها من توزيعات قرش الفقير الذي فرضته وزارة الاقتصاد الوطني إبان الحرب العالمية الثانية على المواد الاستهلاكية.
- المساهمات التي جمعتها اللجنة التأسيسية من أهل الخير والمتبرعين.
- التبرعات التي قامت بها دائرة أوقاف طرابلس من عقارات وأموال نقدية.
- مساهمة شركة نفط العراق بتبنيها التجهيز الطبي والسكني.
وفي عام 1955، انتقل المستشفى إلى مبناه الأساسي في شارع عزمي.
بسبب الحرب اللبنانية الأهلية (1975 - 1990) التي عطلت المستشفى الحكومي، الفريد في الشمال، أصبح المستشفى الإسلامي الخيري الملاذ الوحيد للفقراء في طرابلس ومحيطها حتى الحدود السورية شمالاً. فرأت اللجنة أن الوضع الصحي أضحى مقلقاً ويحتّم ضرورة الاستعجال في تطوير المستشفى بالتوسعة وتحديث أجهزته وآلاته في حدود الإمكانيات المادية المتوفرة، وتم تحقيق عدة إنجازات في هذا المجال لتوسيع المستشفى.
ثم تحققت توسعة جديدة عام 2003 من خلال إقامة مبنى إضافي مقابل للبناء الأساسي على أرض يملكها المستشفى. والجدير بالذكر أنه من أجل تمويل هذا المشروع، قام صاحب السمو الملكي الأمير طلال بن عبد العزيز - بصفته رئيساً للجنة AGFUND "البرنامج العربي لدعم مشاريع التنمية في الأمم المتحدة" - بتقديم مبلغ ستمائة ألف دولار أميركي كهبة للمستشفى الإسلامي الخيري عام 1988.
وكان من نتائج الجهود الضخمة التي بذلت في سبيل التطوير والتحديث أن ارتقى المستشفى الإسلامي الخيري إلى درجة مستشفيات الفئة الأولى في لبنان، فصنف كمستشفى "**** 4 نجوم" عام 1992، كما اعترف به "مؤسسة ذات منفعة عامة" عام 1990 لجعله يستفيد من عدة تقديمات مادية ومعنوية.